به گزارش امتداد، ماجرای این موزه در مترو از آنجا آغاز شد که در طول ساخت و ساز ایستگاه‌های مترو در شهر تسالونیکی (سالونیک) یونان که در سال ۲۰۰۶ آغاز شد، کارگران یک بازار دوره بیزانس، یک قبرستان رومی و دیگر گنجینه‌های تاریخ با قدمت طولانی و متنوع کشف کردند.
این یافته‌ها پیشرفت مترو را متوقف کرد و سؤالاتی را درباره چگونگی مدرن شدن شهر و در عین حال محافظت از گذشته غنی این شهر ایجاد کرد. پاسخ این بود که این دو موضوع با نمایش مصنوعات کشف‌شده برای مسافران ترکیب شوند. پس روز شنبه پس از سال‌ها چالش، سیستم مترو در تسالونیکی، دومین شهر بزرگ یونان به طور رسمی افتتاح شد که ایستگاه‌های آن همان آثار باستانی را به نمایش می‌گذارند که تقریباً در  هنگام تکمیل پروژه کشف شدند.
به گزارش رویترز، کریاکوس میتسوتاکیس، نخست وزیر یونان پیش از بازدید از یکی از این ایستگاه‌ها گفت: «این فقط یک پروژه کارهای عمومی نیست که برای شهر بسیار مهم است. بلکه یک موزه نیز هست که احتمالا در جهان منحصر به فرد است. برای رسیدن به قطار از موزه زیرزمینی عبور خواهیم کرد.»

ساخت این مترو نزدیک به ۲۰ سال به طول انجامید که بخشی از آن به دلیل مشکلات تامین مالی در طول بحران بدهی یونان ۲۰۰۹-۲۰۱۸ بود. این نخستین سیستم مترو در یونان است که خارج از آتن قرار دارد.
بنا به گفته پیمانکار پروژه، سازندگان مجبور بودند عمیق‌تر از آنچه در ابتدا برنامه‌ریزی شده بود حفاری کنند (تا ۳۱ متر)، تا مطمئن شوند که تونل‌ها زیر یافته‌های باستان‌شناسی قرار دارند.
ملینا پایسیدو، یکی از باستان شناسانی که آثار زیر زمینی را کشف کرده است، می‌گوید: «این فرصتی است برای شهر تسالونیکی است که از نظر آثار باستانی به روم دوم تبدیل شود.